计算机化学研究小组

计算机辅助创新药物设计平台


数据库类
可用化合物库(Available Chemicals, AvChem)(CISOC-AvChem2DCISOC-AvChem3D)
  是从国际主要化学品供应公司的可供化学品目录中精选的常用化学品。包含结构式、各种化学名、商品名、别名、外观性质、供货商、价格等十八种数据项,目前包含3,000余个化学品的记录(每年将增加10000个左右)。AvChem2D和AvChem3分别表示结构信息是二维还是三维的。
未开发化合物(Uncultivated Compounds, NewCom) (CISOC-NewCom2DCISOC-NewCom3D)
  收集了最新报道的(指在CA中被引用次数少于10次)未被广泛深入研究过的新化合物25,000个,主要是有活性的天然产物。根据收录的是二维还是三维结构,而分别选用不同的检索软件和放入NewCom2D和NewCom3D中。这些化合物是新医药和新农药创制的重要资源,特别是NewCom3D可作三维结构、子结构、药效团和柔性构象检索,从而方便地直接用于药物设计和农药设计。NewCom3D使你今天的检索提问结构,明天成为您的新活性化合物!
美国国立癌症研究所(National Cancer Institute)公开化合物库(CISOC-NCI3D)
收集了美国国立癌症研究所最近公开的126,000个化合物的三维结构。可作三维结构、子结构、药效团和柔性构象检索,可用于药物设计和农药设计。这个数据库将不作为产品销售,但可作为礼品用作吸引客户的手段。
疏水常数数据库(LogP) (CISOC-LogP)

疏水常数是药物和农药的重要性质之一,也是药物设计和农药设计时必须参考的重要参数。目前已收集有16,000个化合物的实测LogP数据,是世界上最大的LogP数据库。包含的信息有结构式、化学名、CA登录号等十多种数据项。

  质子核磁共振数据库(H-1 NMR Database, HNMR)(CISOC-HNMR)

质子NMR波谱信息是有机化合物结构分析重要手段之一,传统的数据手册、图谱集由于检索手段落后和不能与谱仪紧密结合,使用效率低而难于满足用户的需要。HNMR把海量波谱数据录入数据库中用计算机管理,使得效率大大提高,能给用户以实际帮助。它是有机结构分析中谱峰归属、结构验证、结构解析的有用工具。


智能计算类
结构解析(Structure Elucidation Sytem, SES) NMR-SAMS (CISOC-SES)
测定未知化合物的结构是化学研究和开发化工新产品必不可少的一环,但是迄今为止仍只有很少的专家能胜任这一极其复杂的智能性工作。为了给化学化工界提供高效的结构解析工具,在国际上我们率先完成了结构解析专家系统,并在1997年开始由美国Spectrum Resaerch公司以NMR-SAMS的商品名在全世界销售。几乎所有的国际跨国制药公司都已是这个产品的用户。它能用于复杂未知物的结构解析。它能将从MS得到的分子式(molecular formula)与从1D和2D NMR数据中获得的化学位移、峰多重性(peak multiplicities)和积分(integrals)相结合,自动地推断出未知化合物的结构。它也是一个对未知化合物NMR谱峰进行归属的高效工具。它还可用于高效地从分子式穷尽枚举(enumerating)所有的同分异构体(isomers)。在完成结构解析后,NMR-SAMS还可对NOE进行归属,以进一步获得分子的三维结构。
NMR-SAMS直接利用SpecMan(NMR-SAMS的姊妹软件)所检出的峰表(peak lists)。SpecMan可从所有常见数据格式的(Bruker, Varian, JEOL, Felix, NUTS, NMR-Compass等)1D和2D波谱数据中客观可靠地取出波谱参数,还可以多种方式显示、分析和管理NMR波谱数据。
应用于:
  基于1D和2D NMR实验的1H、13C、DEPT、INADEQUATE、COSY、HMQC、HMBC、NOESY、HSQC、COLOC和其它HETCOR波谱数据对完全或部分未知的有机化合物和天然产物的结构进行解析;
  13C,1H化学位移和NOE连接度(connectivities)的归属;
  假想结构(proposed structures)的验证(verification);
  由分子式穷尽枚举同分异构体。
疏水常数计算软件(CISOC-ACCULOGP)

数据库的最大缺点是难于及时提供新化合物的有关数据。为了弥补这一不足,我们开发了这个产品。它能用于计算未知化合物的疏水常数LogP,也是对LogP数据库的一个有效补充。

-13核磁共振谱图模拟系统(Spectral Simulation of CNMR, SSCNMR) (CISOC-SSCNMR)

用于对有机化合物的碳-13核磁共振谱图进行模拟的软件。碳-13NMR波谱信息是有机化合物结构分析最重要的手段,传统的数据库由于对新化合物不能提供帮助而显得不实用。在有机结构分析、结构验证和结构解析等场合使用本软件可即时得到所需的碳-13核磁共振谱图。同时本软件还可用于对新化合物的碳-13核磁共振谱进行预测,对复杂化合物作对称性分析等。美国Spectrum Resaerch公司也在帮助我们在美国销售这个功能模块。

  质子(H)核磁共振谱图模拟系统(CISOC-SSHNMR)

用于对有机化合物的质子核磁共振谱进行模拟的软件。质子NMR波谱信息是有机化合物结构分析重要手段之一,传统的数据库由于对新化合物不能提供帮助而显得不实用。在有机结构分析、结构验证和结构解析等场合使用用本软件可即时得到所需的氢核磁共振谱图。同时本软件还可用于对新化合物的氢核磁共振谱进行预测,对复杂化合物作对称性分析等。

红外/拉曼(IR/Raman)光谱模拟系统(SIRS-SS)

SIRS-SS可用于任何需要对化合物进行红外/拉曼光谱模拟的场合。用户只需画出所感兴趣的化合物的结构,即能即时得到相应的红外和拉曼光谱。它是有机结构分析中基团验证、结构确认和结构解析的有用工具,可广泛用于化学研究、创新药物与农药发现和材料设计等领域。应用本软件后可大大提高结构解析的效率,减少在药物和材料设计过程中对环境的污染程度、缩短新医农药的发现周期,并进一步作为红外/拉曼光谱虚拟谱仪。

  结构自动命名系统(Automatic Generation of CA Index Name, AGCAIN) (CISOC-AGCAIN)

CA作为化学信息源所具有的广泛性和即时性为广大化学工作者所认同,查CA是研究工作中不可缺少的一环。由于STN在线子结构检索费用高达113美元/个,因此CA索引名成为我国化学工作者最重要的检索工具。但是要准确地产生出化合物的CA索引名十分繁琐、费时和易出错。对于化学工作者个人,也不会乐于去记住那么多的命名规则。因而本软件就有着很现实的意义,它能使您从繁琐的命名工作中解脱出来。这一软件可满足您在文献库、化合物数据库、化学反应数据库的检索和其它领域中对命名需要。 进入>>>

化合物致癌毒性预测系统(Prediction System for Carcinogenic Toxicity, PSCT) (CISOC-PSCT)

本系统可用于预测有机化合物的致癌毒性。预测正确率在85%左右。

  立体化学CIP标识自动感知系统
用于对有机化合物的碳不对称中心和双键的绝对立体构型按照CIP约定进行自动标识的软件。在有机化合物命名、立体构型比较分析等场合使用时可即时得到所需的立体中心的绝对构型标识。同时,本软件还可用于各种与立体化学特征相关的研究领域中对化合物的绝对立体构型进行识别,获取相应的立体化学信息。

反应与合成设计

反应数据库(Reaction Database) (CISOC-React)

覆盖了从1975年-1991年间国际化学文献中所报道的所有化学反应类型(400,000种),对反应机理研究、合成路线设计具有十分重要的参考意义。这个产品目前主要限于本所范围内试用和对外有偿服务。

同类反应知识库(Generic Reaction Knowledge Base, GRKB) (CISOC-GRKB)
为了能借助于计算机解决合成路线设计中反应预料、反应筹划和未知化合物的合成等复杂问题,我们应用最新的Data Mining技术把隐含在海量化学反应中的反应知识挖掘出来,用框架系统组成了同类反应知识库。它实际上是反应数据库的二次加工产品,具有知识更密集,效率更高的特点。年内我们将推出一个智能化程度更高的CISOC-TPS(目标化合物析分系统)来取代以上的反应数据库和同类反应知识库。
合成设计系统(Synthesis Design System-RetroSYN) (CISOC-RetroSYN)

CISOC-SYN是帮助有机合成化学工作者对目标化合物进行反合成分析的一种辅助工具。当有机合成化学工作者对目标化合物进行反合成分析设计合成路线时,此软件会通过对目标化合物结构特征进行自动分析,找出其中的合成谋略键,并推出合成前体和需用的反应。不断地对前体进行析分即可得到目标化合物的若干有意义的合成路线,同时这些合成路线可以以合成树的形式显示。


化学信息自动搜索引擎

ChemSearch集群式化学信息元搜索引擎
随着因特网的发展,网上资源日益丰富。其结果,一方面使其实用性不断增强,越来越多的人从网上获取信息;另一方面,人们经常会感到难以找到自己想要的信息,即使有象Yahoo这样的搜索引擎。对于寻找某个特定专业或领域的内容时尤感如此。例如,想了解化学文献、化合物的理化性质、最新动态,或者所感兴趣的内容在网的相关站点较少时,一般的搜索引擎往往难于提供有价值的资料。因此,要从因特网上获取有价值的专业信息,就必须有一个高效的搜索工具。针对我国化学化工、制药业、农药业等从因特网上获取有价值专业信息的需要,我们开发了网络搜索软件ChemSearch,它能实现在因特网上快速集群式搜索所需信息。为了提高检索效率和能使多个搜索引擎同时搜索所需信息,采用了集群式并发处理,根据不同的网络带宽由用户设定,确定活动的WinSock控件个数n。程序将自动从m个搜索引擎中选n个进行检索(一般m>n)。同时,我们还特地设置了专门的检索结果分类模块,可以分门别类方便地对结果进行管理,大大提高了ChemSearch的实用性和易用性。

主 页 | 学科介绍 | 创新平台 | 分子信息学 | 在线数据库 | 软件介绍 | English


(更新时间: )

为了使本系统能够更有效的为您服务,建议使用IE4.0以上版本浏览器以及解析度800x600模式浏览

中国科学院上海有机化学研究所 计算机化学实验室 计算机化学研究小组
 

地址:上海市枫林路354号 电话:021-54925266 邮编:200032

上海有机化学研究所 版权所有 Copyright(C) 1999-2004 All rights reserved.